Kecamatan ini terdiri dari 6 desa yaitu Desa Sembalun Bumbung, Desa Sembalun Lawang, Desa Sajang, Desa Bilok Petung, Desa Sembalun, dan Desa Sembalun Timba Gading.
Ibukota Kecamatan Sembalun berada di Desa Sembalun Lawang, yang berjarak sekitar 45 km dari ibukota Kabupaten Lombok Timur ( Selong ). Desa Sembalun Bumbung memiliki wilayah terluas yaitu 57,97 Km2 atau sekitar 26,70 % dari keseluruhan luas wilayah Kecamatan Sembalun, dan yang tekecil adalah Desa Sembalun Timba Gading dengan luas 15,76 Km2 .
Desa-desa yang berada di Kecamatan Sembalun memiliki ketinggian yang bervariasi antara 800 hingga 1.200 meter diatas permukaan laut. Jarak tempuh tiap desa ke ibukota kecamatan relatif dekat, jarak yang paling jauh yaitu dari Desa Sajang dan Desa Bilok Petung yang mencapai 6 km dan 15 km. Sedangkan jarak terdekat ke ibu kota kecamatan adalah Desa Sembalun yaitu 0.025 km (25 m), karena kantor kecamatan ada di dasa tersebut.
