Rurouni Kenshin: The Final Part 1 Cerita dilanjut setelah kudeta militer oleh Shishio Makoto. Di mana pada saat itu polisi Meiji mencari dalang penjualan kapal perang, serta persenjataan yang berasal dari mafia Sianghai di China.
Dan mafia Sianghai itu ternyata adalah Enishi yukishiro yang merupakan adik dari Tomoe Himura istri pertama Kenshin yang mati ditangan Kenshin itu sendiri. Lalu Enishi kembali ke Jepang untuk membalas kematian kakaknya.
Berkisah pada tahun 1879, setelah 12 tahun sejak masa restorasi meiji. Diperlihatkan sekelompok polisi jepang yang dipimpin oleh Hajime Saito, akan melakukan penyergapan setelah memperoleh informasi keberadaan Enishi di tempat itu.
Saat Enishi sudah ditangkap ia sempat melakukan perlawanan, dan berhasil melukai banyak polisi. Di saat akan berhadapan dengan Hajime ia malah menyerahkan diri.
Asakusa di Tokyo
Kemudian beralih ke Asakusa di Tokyo, saat itu sedang dirayakan sebuah festifal tahunan. diperlihatkan Kenshin sedang bersama-sama rekanya yaitu Kaoru, Megumi, Sanusuke dan Yahiko. Mereka sedang menyaksikan pameran busana pernikahan eropa.
Diperlihatkan juga kunjungan Kenshin ke Dojo, tempat pelatihan kepolisian yang dikepalai Maekawa Miyauchi dan Kapol Uramura. Dan saat malam, mereka makan di kedai andalan mereka yaitu kedai akabeko. kedai akabeko menjadi tempat orang-orang yang akrab dengan Kenshin.
Sementara itu, Enishi yang tadinya telah tertangkap, berhasil dibebaskan oleh mafia Sianghai. Hajime sempat enggan melepaskannya karena Enishi adalah salah satu mafia yang paling berbahaya disaat itu. Namun karena mereka memiliki perjanjian damai yang tidak dapat dilanggar, akhirnya Hajime harus merelakan tangkapnya itu.
Kemudian pada malam hari sepulangnya mereka dari kedai akabeko, diperlihatkan sekelompok orang yang dikepalai Enishi akan melancarkan serangan ke kota Tokyo. Dan pemegang senjata adalah Kujiranami yang sudah lama menyimpan dendam kepada Kenshin.
Kujiranami mengrahkan senjatanya ke kedai akabeko, orang-orang terkejut akan serangan itu. Pihak kepolisian lalu memberitahu Kenshin jika asal tembakan itu dari sebuah hutan. Sesampainya di sana rupanya tidak ada orang selain jejak sebuah pohon yang tumbang. Lalu selembaran ditemukan oleh anggota polisi yang bertuliskan penghakiman manusia. Rurouni Kenshin: The Final
